Die Abteilung entstand 1989 aus der Sektion Synchronschwimmen der BSG Gartenbau Leipzig, die damals aufgelöst wurde. Zunächst wurden die Sportler der Abteilung Wasserspringen zugeordnet. 1994 wurde eine eigene Abteilung gebildet, die 1997 eine eigene Abteilungsleitung erhielt. Als Gründungsmitglieder sind Ute Hennig und Barbara Röhricht zu nennen. Als (Abteilungs-) Leiterinnen wirkten Ute Hennig (1989-1997), Karin Topp (1997-1999), Uwe Muth (1999-2002) und seither wieder Karin Topp. Trainerinnen waren seit 1989 Ute Hennig und Karin Topp, bis 1998 auch Barbara Röhricht. Daneben gibt es mehrere Übungsleiterinnen.

Seit 1992 waren die Sportlerinnen der Abteilung immer in einer der deutschen Delegationen zu den Europa- und Weltmeisterschaften, zu den Jugend-Europa- und Jugend-Weltmeisterschaften vertreten. Das gelang keinem anderen deutschen Verein. Die Abteilung wurde 1997 Deutscher Gruppenmeister und errang insgesamt über 30 Medaillen bei nationalen Höhepunkten, über 100 Medaillen bei Sachsenmeisterschaften. Sie ist der leistungsstärkste Verein im Synchronschwimmen in Sachsen. Deutschlandweit zählt die Abteilung Snchronschwimmen zu den führenden Vereinen im Nachwuchsbereich. Sie erhielt 1994 das Grüne Band für vorbildliche Talentförderung und wurde 2001 als (einziger) Bundesstützpunkt bestätigt.